「有給を取らせてもらったこと」に対して、お礼を言う必要はないと考えられます。
有給休暇は従業員の権利であって、それを行使したに過ぎないからです。

しかし、自分が休んだことによって、少なからず同僚に仕事のしわ寄せが行っているものです。

「業務を引き継いでくれたこと」や「自分がいない間に対応してくれたこと」について、
お礼の一言があると、明るい職場がつくれるかもしれません。

有給を取ったことへのお礼ではなく、フォローしてくれた人へのお礼。

そんな気づかいがあってもよいのではないでしょうか。